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Numérisation des spécimens de l'herbier d'Alsace

Le projet e-ReColNat

L'objectif du projet e-ReColNat est de construire une énorme base de données sur la distribution des espèces au cours du temps, au service de la recherche et de l'expertise sur la biodiversité. Il s'inscrit dans des initiatives internationales telles que e-Biosphère ou le programme européen LIFEWATCH. Le principal obstacle à l'utilisation des données liées aux échantillons est que la plupart ne sont pas informatisées, donc indisponibles pour la communauté scientifique. Bien que beaucoup de Muséums et d’institutions aient commencé à informatiser leurs collections, cette tâche ne sera pas achevée, au rythme actuel, avant des dizaines, voire des centaines d'années. Il est donc indispensable d'accélérer le processus de numérisation, grâce à l’utilisation de nouveaux procédés de type industriel.

La numérisation des spécimens de l'herbier de Strasbourg a bénéficié d'un financement IDEX (Initiative d'Excellence)  de l'Université de Strasbourg. La Faculté des Sciences de la Vie participe activement à cette opération et a mis à disposition des locaux et du personnel pour la préparation des spécimens.

La Société Botanique d'Alsace et le Conservatoire Botanique d'Alsace participent également au programme e-ReColNat, par des financements ou par la mise à disposition de bénévoles.

Première étape : la préparation des spécimens

Les 50 000 spécimens de l'herbier d'Alsace sont rangés dans des armoires en fer. Ils sont rassemblés dans des liasses de 40 à 70 spécimens environs, et les liasses sont classées par ordre alphabétique des familles puis des genres. Dans les liasses, les spécimens sont rangés par ordre alphabétique des espèces. Une grande partie de l'herbier d'Alsace a été revue et la nomenclature a été mise à jour  (Dicotylédones). Les Monocotylédones n'ont pas encore été totalement reclassées.

Les liasses sont numérotées selon leur situation dans l'armoire et transportées dans les salles de préparation.

Chaque liasse est ouverte. Les spécimens sont revus et analysés les uns après les autres. Les spécimens non attachés sont attachés s'ils sont peu nombreux dans la liasse. Ils sont nettoyés. S'il y a des fragments, ceux-ci sont mis dans des petites enveloppes de papier cristal. Les spécimens sont comptés et remis dans les liasses précédentes. Certaines liasses, avec peu de spécimens sont rassemblées pour avoir environ 50 à 80 spécimens par liasse.

Lorsqu'il y a des doubles, c'est à dire des spécimens identiques de la même espèce qui ont été récoltés par la même personne, au même endroit et le même jour, un ou deux spécimens représentatifs sont gardés, les autres sont mis de côté. Ce sont des doubles qui vont être envoyés pour échange à d'autres herbiers.

Lorsque, sur une planche d'herbier, il y a plusieurs spécimens de la même espèce, mais récoltés à des dates différentes et dans des lieux différents, ils sont mis de côté pour une numérisation en interne. Beaucoup de planches de Roger Engel sont dans ce cas.

Les cas particuliers concernant les planches et les spécimens sont nombreux et variés. Des règles ont été définies afin de répondre à l'ensemble de ces cas. Ces règles "internes" sont disponible en téléchargement en bas de page.

Parallèlement, des collections et des spécimens d'herbier non encore intégrés dans l'herbier d'Alsace, comme l'herbier de Gonthier Ochsenbein, sont attachés puis mis dans les liasses précédentes.

Certains spécimens non récoltés en Alsace sont néanmoins intégrés dans cette opération. Il s'agit de plantes pour lesquelles des études sont actuellement en cours, comme Menthe cervina, Helianthemum ledifolium  dont la répartition est étudiée par le Conservatoire Botanique de Porquerolles, ainsi que les Cornus, les Tilia, les Linaria, les Ranunculus auricomus étudiés par F. Dunkel, , etc. car ils font l'objet d'études actuellement dans l'herbier, soit en interne, soit par des chercheurs amateurs ou professionnels.

L'opération actuelle ne concerne que les phanérogames : les ptéridophytes (fougères), les gymnospermes (conifères) et les angiospermes (plantes à fleur). Les bryophytes (mousses), les lichens et les algues feront partie d'une opération ultérieure.

Les liasses passent ensuite dans un congélateur à raison de 2 jours de congélation + 2 jours au dehors à température ambiante puis à nouveau 48 heures de congélation. Cette opération entraîne l'élimination de la plupart des larves d'insectes et des spores de champignons.

Les liasses sont ensuite rassemblées par 2 ou 3 dans des cartons également numérotés. Ces cartons sont hermétiquement fermés et sont prêts pour l'envoie à la chaîne de numérisation, située à Montpellier.

Le transport des cartons vers la chaîne de numérisation se fera lorsque l'ensemble des spécimens de l'herbier d'Alsace aura été revu, attaché et préparé.

Les spécimens en double pour échange, les planches avec plusieurs spécimens différents et les collections anciennes seront traités ultérieurement.

Lorsque l'herbier d'Alsace aura été totalement numérisé, de nouvelles opérations seront lancées, notamment la numérisation des spécimens de l'herbier général (150 000 spécimens) et la numérisation des collections particulières (Herbier Muhlenbeck, Herbier de Boissieu, Herbiers Schlumberger, Herbier Mantz, etc.).

L'objectif à moyen terme est de numériser l'ensemble des collections présentes à Strasbourg.

La préparation de l'herbier d'Alsace

L'herbier d'Alsace
L'herbier d'Alsace avant rangement (Cyperaceae)
L'herbier d'Alsace rangé (Boraginaceae)
L'herbier d'Alsace rangé (Grossulariaceae)
Préparation des liasses de l'herbier d'Alsace
Préparation des spécimens
Préparation des spécimens
Attachage et préparation des spécimens de l'herbier
Attachage et préparation des spécimens de l'herbier
Attachage et préparation des spécimens d'orchidées
Préparation des spécimens de l'Herbier Ochsenbein
Préparation des spécimens de l'Herbier Ochsenbein
Attachage et préparation des spécimens de l'herbier
Attachage et préparation des spécimens de l'herbier
Attachage et préparation des spécimens de l'herbier
Attachage et préparation des spécimens de l'herbier
Les spécimens sont rangés par espèce
Avec une chemise par espèce
Calamintha nepeta
Calamintha nepeta
Chemise Utricularia intermedia
Chemise Utricularia intermedia
Chaque liasse a son bordereau
Chaque liasse a son bordereau
Les liasses prêtes pour la congélation
Les liasses prêtes pour la congélation
Congélation de 48 h
Congélation de 48 h
Entre deux congélations
Mise en boite pour le transport
Mise en boite pour le transport
Les boites sont prêtes
Les boites sont prêtes
Les spécimens numérisés à Strasbourg
Les spécimens en double à échanger
Les spécimens en double à échanger

L'équipe e-ReColNat de Strasbourg

Responsable scientifique

  • Michel Hoff (Maître de Conférences - Directeur de l'Herbier de Strasbourg)

Equipe Unistra

  • Gisèle Haan-Atchipof (Maître de Conférences)
  • Claudine Bertin-Charbonnier (Technicienne Herbier)

Organisation et gestion générale des collections (CDD)

  • Françoise Janin : Organisation générale de l'opération e-ReColNat, Préparation des spécimens de l'herbier d'Alsace
  • Antoine Perrier : Préparation des spécimens de l'herbier d'Alsace

Vacataires

  • Marie Duval : Préparation des Lycopodiaceae du Monde
  • Guillaume Jacek : Préparation des Allium d'Europe
  • Félix Chaillou-Delecourt : Préparation des Cornus du Monde et desCrataegus d'Europe

Stagiaires

  • Clara Zuschlag : Préparation des Campanula d'Europe
  • Chloé Ball : Préparation des Campanula d'Europe

Bénévoles

  • Françoise Deluzarche : Préparation des Monocotylédones, rangement et préparation des Orchidaceae
  • Fabienne Niklaus : Préparation des Hieracium de l'Herbier Ochsenbein, suite de la préparation des Lycopodiaceae du Monde
  • Mariette Andrès : Préparation des Orchidaceae
  • Betty Schieber : Préparation des Monocotylédones d'Alsace
  • Pascal Romanus : Préparation des Tilia du Monde
  • Yvan Brahy : Préparation des Scrophulariaceae - Antirrhineae du Monde


Exemples de spécimens d'herbier

Spécimen d'Alfred Schneider
Linaria repens
Spécimen d'Alfred Schneider
Lindernia pyxidaria
Spécimen de Roger Engel
Amaranthus hybridus subsp. erythrostachys var. patulus
Spécimen de Roger Engel
Amaranthus hybridus subsp. erythrostachys
Spécimen de Roger Engel
Amaranthus hybridus subsp. erythrostachys var. paniculatus
Spécimen de R. Engel
Calamintha nepeta
Spécimen de V. Rastetter - Herbier R. Engel
Calamintha nepeta
Spécimen de V. Rastetter
Calamintha nepeta
Spécimen de L. Giraudias
Mentha cervina (= Preslia cervina)
Spécimen de Annelise Peter
Arnica montana
Spécimen de H. Petry
Sphagnum cuspidatum

Règles pour la préparation des spécimens d'herbier

Article des DNA le 2 novembre 2016